阳明十九日发兵，二十日凌晨到达南昌城外围。他下令：“一鼓附城，二鼓登，三鼓不登诛，四鼓不登斩其队将。”此前，他早已派人潜入城中，告谕百姓，勿助乱，勿恐畏逃匿，无论有罪无罪只要弃恶从善，皆我良民。
攻城容易得有点儿让人扫兴，守城的基本上是闻风而降，有的城门不闭，官军几乎是**。阳明第一个举动是安民。攻城的主力多是赣州“新民”，即当年的土匪，他们骁勇善战，但杀人成性，这回可以合法地过一把杀人瘾，也是抢劫的好时机。阳明将几个嚣张的立即斩首，才将这股邪风遏制住。但，后来的调查团不说阳明遏制这后半截，单说前半截！
阳明打开粮仓，救济城中军民。安慰宗室人员。所有胁从人员只要自首，一律不问。受宁王伪官的只要投降，也一律不追究。城中安定下来。
二十二日，宁王从督兵填安庆城前的壕堑转而亲自领兵到了沅子巷。阳明问部下，计将安出？多数人主张贼势强盛，宜坚守不出，徐图缓进。阳明独以为不然：“贼势虽盛，但只是劫众以威，只是用事成之后封官许愿来刺激他们玩儿命。现在进不得逞，退无所归，众已消沮。若出奇击惰，不战自溃：所谓先声有夺人之气也。”
在战术上，他又小心谨慎（心学是大志小心之学）。因为手底下没有正规军，只是些偏裨小校，就是江西的知府、知州、知县领着三百二百的前来参战的。他只有到处设疑，显得官军广大无数。他让吉安知府伍文定正面迎敌，采取调虎离群之计，二十四日，敌兵鼓噪乘风进逼黄家渡，伍文定等装作败逃，敌争趋利，因为宁王的奖赏是相当诱人的。结果他们的船队前后脱节，有了可乘之机。伏兵横击，伍文定反攻。敌船溃乱，退到八字脑。宁王恐惧，厚赏勇者，又调集守九江、南康的兵过来助战。
阳明则趁九江、南康空虚，分兵取之。进可以使宁王孤立，退可以与宁王相持打持久战。
二十五日，宁王并力挑战，官军败死者数百人，文定见兵稍退，立斩先却者，他立在火炮之间，胡子被炮火烧着，不动半步，士兵才转而死战。士气复振，战况转变。终于一炮打中宁王的副舟，宁王兵乱，跳水溺死者无数，官军反击，杀、拿叛军两千多。
当伍文定等人鏖战时，王坐在都察院中，开中门，令可见前后，与学生、朋友只管讲论心啊性啊的，如何既顺性又合大道之类。每有报至，当堂发落。然后再接着讲。忽有人报“伍文定的胡子打着了，队伍在退却”。众皆惊恐，阳明平静地说：“对敌小却，此兵家常事，不足介意。”接着讲他的“心体不动”。
宁王退到八字脑，问停舟何地？部下对“黄石矶”。南方人的“黄”读作“王”。宁王恶恨其音为“王失机”，杀了回话的人。他在名叫“樵舍”的地方，将所有的船连成方阵，把所有的金银拿出来大事赏赐将士。当先者，千金；受伤者，百金。但有人还是逃跑了。
王阳明准备了火攻的应需之物，令队伍从两翼放火，然后火起兵合，围而歼之。
二十六日早晨，宁王接受群臣朝拜。把那些不肯尽力的拉出去斩首。他的臣下还争论该怎么办，阳明的大军已经四面围定，火、炮齐发，宁王的方阵七零八落，溃不成军。宁王与诸嫔妃抱头痛哭，根据中国的不成文法，女人不能被活捉，她们与宁王洒泪而别，然后头朝下，跳入水中。宁王和他的世子、宰相、元帅数百人被活捉。
《明史纪事本末·宸濠之叛》载：“斩擒贼党三千余级，溺水死者约三万。弃其衣甲器仗财物，与浮尸积聚，横亘若洲。”
此时，阳明还在都察院讲学，讲《大学》的主脑就是“诚意”。忽有人来报：宸濠已被擒。众皆惊喜。阳明颜色无稍变，还是那么平静地说：“此信可靠，但死伤太众。”说完，又接着讲他的《大学》。旁观者无不叹服：真是心学大师，其心不动如山。
知县王冕押着前宁王一干人回到南昌。军民聚观，欢呼之声震动天地。前宁王押在囚车里，但依然不改王爷的脾气，望见远近街道行伍整肃，笑着说：“此我家事，何劳费心如此！”这话说得让人不禁废书而叹！真是对王阳明致命的嘲弄，一句说尽了家天下的特色：你王先生真是狗拿耗子。
他见到阳明后说：“王先生，我欲尽削护卫，请降为庶民可乎？”
王说：“有国法在。”
前宁王低下头，过了一会儿，似自言自语：“纣用妇人言而亡天下，我不用妇人言而亡国。悔恨何及。”然后抬头对阳明说：“娄妃，贤妃也，投水死，请安葬她。”
阳明立即派人去找，她周身用绳子捆了个密匝匝，怕乱中蒙辱，自我保全。大儒娄一谅之女就这样结束了自己的生命。
阳明将查获的宁王交贿大小臣僚的各类证据都一把火烧了。这种胜利者的大度并没有给他转换出什么宽广的道路，反而让他失去了与奸党较量的优势。他这一招，傻了。
这次成功，朝廷给他提了一格，升为副都御史。