他给他的学生杨仕德写信说：“破山中贼易，破心中贼难。我来铲除鼠窃毛贼，没什么了不起的；你们扫**心腹之寇，以收廓清平定之功，这才是大丈夫不世之伟业。”
他这两句话本来是他惯用的“仿辞”表达式，后来——在新中国却名声大噪，成了他反动透顶的铁证。其实他的本意只是：让我来平定民间暴动，是杀鸡用宰牛刀；真正难办的是扫**心中的邪恶。心中的邪恶之所以难除，是因为人们不以为那是贼。国事如此不振，人心如此不古，就是因为心中贼在作祟。他这话主要是针对那些把持朝政的奸恶之徒，自然也包括人人心中不可告人的毛病。
相比之下，还真是属“山中贼”易破，“心中贼”只要你愿意也可以破，最难破的是“制度贼”，制度中的贼不是你想破就能破了的。因为山中贼是民，制度中的贼是官。官比民难缠多了。他参劾一批失事官员，也奖励了一批官员。中间龃龉颇多、纠葛难缠。国家本来只是社会的工具、吏治也只是管理社会的手段，但是运作起来，国家和政治都成了目的，官成了“本体”。
尤可恼的是，害群之马——太监见打仗就以为来了发财的机会，浙江镇守太监毕真走内线，让皇帝旁边的太监说服皇帝派他去当剿匪部队的监军。又是王琼保护了阳明，王琼说：“兵法最忌遥制，若是南、赣用兵而必待谋于省城的镇守，断乎不可！”王琼知道阳明的成功也是兵部尚书的功劳，琼也是个别有奇情的干才，才能英雄相惜，他愤慨地说：“国家有此等人，不予以权柄，还将有谁可用？”
王阳明想办法疏通盐法，以保证军饷。最难的是，须得到上边的支持。他两次疏请旗牌，最后还是靠特拔他的王琼力排阻力，才暂时给了。并把巡抚改为提督，使他有了可以现场发挥的自主权。
现在有了“势”，就可以作法使术了。他先改造部队编制，以提高快速反应能力。他当年下过正经功夫，那时的纸上谈兵现在都可以“精神变物质”了。他说：“习战之方，莫要于行伍；治众之法，莫先于分数。”他的“治众之法”就是强化等级之间的权力和责任，即所谓“分数”。他的新编制如下：二十五人为伍，伍有小甲；二伍为队，队有总甲；四队为哨，二哨为营；三营为阵，二阵为军，军有副将。副将以下，层层管制。这样做其实并无什么新意，尽管《明史》阳明本传中赫然录入，并说是“更兵制”之举。其实，只是将《周礼》兵制每个单位的数目做了调整。阳明这样改是为了剿匪时分进合击的便利。他说这样做可以上下相维，大小相承，如身之使臂，臂之使指，自然举动齐一。这几句话李纲也说过。就像他的十家牌法是古代里甲制度的翻版一样。
编伍完毕，发放兵符。每五个人给一牌，上写本伍二十五人的姓名，使之联络习熟，谓之伍符。每队各置两牌，编立字号，一付总甲，一留阳明的总部，叫队符。相递有哨符、营符。凡有行动，发符征调，比号而行，以防奸弊。平时训练，战时进退都集体行动——有效地改变了明朝地方部队一盘散沙、死了跑了都没人管的疲软局面。现在他可以治众如治寡，纲举目张了。