1959年初，虚云大师自感身体日渐衰弱，安排有关事务，主持岑学吕宽贤重新编辑的《云居山志》刊印流通，并亲自为之撰序。虚云大师对真如禅寺诸职事做了交代。留下将自己的骨灰撒入水中，与水族结缘的遗嘱后，于农历九月十三日在云居茅棚内圆寂，世寿120岁，僧腊101年。