1951年的春戒期间，发生了震惊全国的“云门事变”。3月，寺中在开戒期间，一日，地方干部及民兵百余人包围了云门寺，将老和尚拘禁于方丈室，将百余僧侣分别囚于禅堂及法堂，干部大事搜索，上自瓦盖，下及地砖，搜了两日，未搜到金银财物，乃殴打众僧，亦无所获，最后数大汉以木棒铁棍殴打老和尚，逼其交出金银财物，打得老和尚五窍流血，肋骨断折。老和尚深入禅定，苦乐俱捐，多次殴打始终不死，干部们不敢再打。直到5月间“云门事变”消息传到韶州，大鉴寺僧人通知海内外同门，联合营救。后来北京方面电令地方政府严查，云门之围始解。
1952年春，北京政府电粤，派员护送老和尚入京。7月抵京，李济深、陈铭枢、叶遐庵、赵朴初等迎老和尚于火车站，驻锡于广化寺。中国佛教协会成立，要推举老和尚任会长，老和尚坚辞，挂了个名誉会长的名。10月到上海主持了一场祝愿世界和平法会，1953年回到云门。
在云门最后几年，他仍开堂传戒，日有开示。
“云门事变”的次年，老和尚赴北京之前，曾自书一联，记述其生平，联曰：
坐阅五帝四朝不觉沧桑几度，
受尽九磨十难了知世事无常。