虚云大师在高寺禅堂修行那段时间，心无杂念，一心修行。他晚上看东西跟白天一样，行动也敏捷。到了腊月的第八个禅七中，第三天的夜晚，六枝香开静时，护七照例冲开水，热水溅到手上，茶杯堕地，一声破碎，顿时断了自己的疑惑，就如同从梦中醒来一般，他顿时开悟了。他说：“杯子扑落地，响声明沥沥，虚空粉碎也，狂心当下息。”这一年在镇江金山寺过戒期，在扬州重宁寺做道明和尚的助理。智通法师在焦山讲《楞严经》时，请虚云大师讲偏座。第二年他又重到宁波阿育王寺礼舍利，燃指供佛，超度自己的亲人。
宁波七塔寺请默庵法师讲《法华经》，请他去任附讲。讲完经，他又到了丹阳，帮助结森、宝林二位大师重修仙台观，以后又到赤山与法忍和尚结伴共修。到了光绪二十六年（1900年），他已经61岁，将近十年在江浙一带参访，使他又动了远游的念头，想再次朝拜五台山，然后到终南山潜心修行。他辞别了法忍和尚，先到扬州朝拜云台山，后来又到了山东朝拜东岳泰山，再到崂山礼拜憨山老人的海印寺，再以后又到了曲阜礼拜孔庙、孔陵，西行北上到达五台山。在五台山拜完，原想回终南山，但是这时候再有义和团的地方行旅不便，就近回到了北京，住在了锡城南龙泉寺。这时他已颇具声誉，肃亲王善耆的太福晋对他行弟子礼，一些王公大臣也来参叩。到了五六月间，京中义和团之乱愈来愈烈，义和团民杀了德国公使，围攻使馆区，清廷下诏与各国宣战。
6月天津失守，7月北京沦陷。西太后带着光绪帝匆匆西逃。这时朝中有参拜过虚云和尚的王公大臣，关心他的安危，劝他同众人随驾出京，他就在兵荒马乱中随扈跸西行，到了西安。这时护驾大臣岑春煊请他在卧龙寺开息灾法会。佛事完毕后，虚云大师以西安太嚣烦为理由，10月间悄悄地离开了西安，到终南山结茅修行。
山中一同修行的道侣不少，第二年赤山法忍老人也到了山中。这一年年底，大雪封山，严寒彻骨，他独自居住在茅棚，身心清净。一日他在釜中煮芋头，结跏趺坐待熟，不觉入定。到了新岁，邻棚的复成师等去给他贺岁，见棚外虎迹遍满，走进棚中见他在入定，以禅法帮他从定中出来，问他吃饭了没有，他回答说没有，然后觉得釜中的芋头大约已熟了。开釜一看，釜中坚冰如石，原来他入定不觉已半月之久。他自此改名“虚云”。在此以前，人都称他为德清师。此年下半年，他再礼拜四川峨眉、云南鸡足，年终前到了昆明，在福兴寺闭关，年余后出关，在归化寺讲《圆觉经》《四十二章经》，有三千多皈依者。
秋季他在筇竹寺传戒。当时大理的提督张松林，亲自率领官绅迎他到大理府，住进三塔崇圣寺，讲《法华经》。皈依者也是多不胜数。这时张提督和一位李军门想留他在崇圣寺做住持，但他希望在鸡足山能够有一个地方，开单接众，以恢复迦叶道场。众人称他这是善举，于是张松林命令宾川县知县办理。知县在山中寻得一破院，名叫钵盂庵，给虚云大师居住，这个时候大师才达成自己的愿望，在鸡足山有了立足之所。
他在钵盂庵开始接待众人，给众人弘法开示，周围的众人听到他开示的消息都蜂拥而至，这时他急于重修寺宇，必须募捐，但是这不是周边人民的力量所能达到的，所以他留下一位戒尘师料理内务，他自己独身前往南洋。途中在南甸太平寺讲《阿弥陀经》，在仰光、槟榔屿都曾停留讲法，在马六甲青云亭讲《药师经》，在吉隆坡灵山寺讲《楞伽经》。各地都有弟子皈依，前后都有上万余人。就在大师在南洋进行募捐的时候，接到了云南全体僧众的来电，内容是政府要征提寺产，宁波天童寺的寄禅和尚有电来约，催促他尽早回国处理此事。于是他在光绪三十二年（1906年）春季回到了上海。在上海与佛教会代表等修行禅法的人会合，一同进京请愿，抵达京中住在了贤良寺，朝中的僧录司法安、龙泉寺住持道兴、观音寺住持觉光等接待了他们。肃亲王善耆也请他到府中为太福晋说法。庚子年在京中相识的一些王公大臣也都来探视，研究如何给皇帝上奏章。由于诸多王公大臣的相助，光绪帝下了一道上谕，谕上告知地方官不得勒捐寺产，征提寺产风波告一段落。
自清朝开国以来，云南一地没有颁发过《大藏经》，虚云决定请诸位王公大臣奏请朝廷，给云南颁发一部《龙藏》。这件事情由肃亲王发起上奏，光绪三十二年（1906年）7月，大师拿到上谕，把鸡足山的钵盂寺改名为护国祝圣禅寺，钦赐《龙藏》一部，銮驾全副护送《龙藏》到山，赐给虚云和尚紫衣、玉印，并赐封号为“佛慈洪法大师”，这在当时是一份难得的殊荣。光绪末年那一段时间，虚云到南洋弘化，并为祝圣寺募款。他在暹罗龙泉寺讲经时，一日跏趺坐入定，一定九日，这一来轰动了暹京，自国王大臣至善男信女咸来罗拜，国王请他到宫中讲经，百般供养，官民皈依者数千人。这一次南洋弘化两年余，直到宣统元年（1909年）始由仰光回云南。
宣统三年（1911年），虚云和尚在鸡足山祝圣寺传戒，继之又结禅七七四十九日。九月武汉革命的消息传到滇中，地方大乱。
统兵官李根源排斥佛教，率兵入鸡足山，欲拆寺逐僧，经虚云大师出面解释，李根源皈依三宝，引兵而去。以后李氏维护佛教甚力。民国元年（1912年），虚云和尚已73岁，在云南成立了佛教分会，该会初创，许多事情要和官厅接头，而民政长罗容轩对佛教有成见，事多阻碍难行。滇督蔡松坡时为调解，亦不得圆满。
民国二年（1913年），虚云大师到北京请内阁总理熊希龄帮忙，熊把罗容轩调到北京，以任可澄为云南巡按使，虚云大师亦回到云南，推动佛教会事务。翌年他把会务委他人办理，回到鸡足山。民国七年（1918年），滇督唐继尧派人迎他到昆明，年底到达，住圆通寺。适欧阳竟无带着弟子吕秋逸，为筹募支那内学院经费之事亦到昆明，同住圆通寺，虚云大师请竟无为他讲《摄大乘论》。民国八年（1919年）春，虚云大师在昆明忠烈祠建水陆道场。是岁留在昆明。民国九年（1920年）春又建水陆道场，法会结束继之讲经。这时唐督请他复兴昆明西山已荒废了的华亭寺，就是后来的云栖寺。他接受了唐督的聘帖，担下了重建云栖的重任。民国十年（1921年），顾品珍督滇，2月以后，天雨不止，城内可以行舟；7月以后，干旱不雨，到了冬天，河内可以扬尘。秋天时疫流行，死人数千。在这种情形下，重建云栖寺的事就搁置下来了。